Authによる認証を行なっていたところ、
要望もあって30分でセッションタイムアウトするように設定
core.php

Configure::write('Session', array(
	'defaults' => 'php',
	'timeout' => 30
));

すると、session.cookie_lifetimeも同時に1800秒=30分と設定されることとなり
ログイン後、30分でクッキーがクリアされることになり同時にAuthセッションも喪失。
ログアウト処理を経ずログアウト状態に（ログイン画面に戻る）なっていた。

Configure::write('Session', array(
	'defaults' => 'php',
	'timeout' => 30,
	'ini' => array(
		'session.cookie_lifetime' => 0
		)
	));

とすることで解決。